На главную страницу второго семестра

Банки данных Swiss-Prot и Uniprot

Данные банка Swiss-Prot о белке SYM_ECOLI

Описание поля

Метка поля (line code)

Значение

Внутренний уникальный постоянный идентификатор документа AC P00959
Стандартное имя последовательности (идентификатор последовательности) ID SYM_ECOLI
Название белка, отражающее его функции DE Метионил-тРНК синтетаза (Метионин-тРНК лигаза) (Methionyl-tRNA synthetase (Methionine-tRNA ligase))
Дата создания документа DT 21-JUL-1986
Дата последнего исправления аннотации DT 01-FEB-2005
Название организма OS Escherichia coli
Полное название таксона OC Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Escherichia
Длина последовательности SQ 676 а.о.
Молекулярная масса белка SQ 76124 а.е.м.
Число публикаций, использованных при создании документа RN 14
Название журнала с самой свежей публикацией RL J. Mol. Biol.
Описание вторичной структуры FT Описание содержит местонахождение (номера составляющих аминокислотных остатков) элементов вторичной структуры
Что содержит поле комментариев? CC Функция белка, каталитическая активность, кофактор, субъединица, местонахождение, схожесть. Кроме того, здесь сообщаются авторские права на всю информацию. Этот белок обладает следующими свойствами: содержит домен, связывающий тРНК, участвует в реакции присоединения метионина к тРНК, требуется не только для пролонгации, но и для инициации трансляции, функционирует в виде гомодимера, находится в цитоплазме, принадлежит к классу I аминоацил-тРНК синтетаз
Какие особенности последовательности указаны? FT Указано, что метионин не показан в последовательности, отмечены любопытные части последовательности, положение тРНК-связывающего домена, положение четырёх остатков цистеина, связывающих цинк, остатка лизина, связывающего АТФ, замена которого на остатки глутамина, аланина, глутаминовой кислоты или аргинина приведёт к потере активности. Приведены номера аминокислотных остатков, образующих те или иные элементы вторичной структуры
Идентификатор файла PDB DR 1F4L; 1MEA; 1MED; 1P7P; 1PFU; 1PFV; 1PFW; 1PFY; 1PG0; 1PG2; 1QQT;

Данные из базы данных Swiss-Prot

Результаты поиска в БД UniProt белков с тем же кратким описанием (DE), что и у белка SYM_ECOLI

Поиск производился в поисковой системе SRS. Поиск проводился по полю Description; для вывода полученных данных выбирались поля Taxonomy и Description.

Таксон

Запрос

Количество найденных документов

Археи (Archaea) ((([uniprot-Description:Methionyl-tRNA*] & [uniprot-Description:synthetase*]) | ([uniprot-Description:Methionine--tRNA*] & [uniprot-Description:ligase*])) & [uniprot-Taxonomy:Archaea*]) 29
Бактерии (Bacteria) ((([uniprot-Description:Methionyl-tRNA*] & [uniprot-Description:synthetase*]) | ([uniprot-Description:Methionine--tRNA*] & [uniprot-Description:ligase*])) & [uniprot-Taxonomy:Bacteria*]) 206
Эукариоты (Eukaryota) ((([uniprot-Description:Methionyl-tRNA*] & [uniprot-Description:synthetase*]) | ([uniprot-Description:Methionine--tRNA*] & [uniprot-Description:ligase*])) & [uniprot-Taxonomy:Eukaryota*]) 27


© Фадеев Андрей, 2005